A középkorban a toponáriak valószínűleg a Csigút dombon épült templom köré temetkeztek, amelynek ma már nyoma sincs. A török kiűzése után a Festetich-család birtokközpontot alakított ki Toponáron, amelynek működtetéséhez munkás kezekre volt szükség. A magyarok mellett jelentős számban települtek a faluba szlovákok és zsidók is. Ebben az időben létesült az úgynevezett Ó temető , amely ma is három részből áll. Először a tótok temetkeztek ide, majd a magyarok részére is szép síremlékek, kripták épültek. 1828-ban ez a temető betelt, ekkor nyitották meg a Szántód felé vezető út baloldalán a mai új temető mellett a Felső temetőt. Toponáron az 1800-as években jelentős zsidó közösség élt. Betelepülésüket a kaposvári letelepülés korlátozása, valamint az uradalom kereskedelmi tevékenységében betöltött szerepük segítette elő. Temetőjüket elkülönítve a kaposvári út mentén hozták létre.

Az Ó temetőt 1949-ben újra megnyitották és 1968-ig temettek arra a részre, amelyet az elmúlt évben kitisztítottak. Még ma is végeznek rátemetéseket.

A Felső temetőt az 1800-as évek végéig használták, majd amikor betelt az út jobb oldalán új temetőt létesítettek. Ezt a temetőt az 1930-as években parkosították, rendezték. Ha gondozottabb lenne, ma a városrész legszebb temetője lehetne.

A Felső temető mellett létesült új temetőbe, először 1945-ben temetkeztek, majd hosszabb szünet után az 1980-as évektől folyamatos a temetés. A sírok szépen gondozottak, bár a temető képe zsúfolt. Magányos elmélkedésre, a halottakra való emlékezésre, a zavartalan gyászra alig van lehetőség.

Répáspusztán és Fenékpusztán az ott élő emberek számára létesítettek temetőt, ezek a temetők elhanyagoltak, gondozatlanok. Mamár egyikbe sem temetkeznek.

Az Orci út mentén a vasúti kereszteződésben is volt egy temető, ahová, valószínűleg az I. világháború során járványokban elhunyt hadifoglyokat - elsősorban románokat - temettek.

A toponári temetőkben nincsenek védett sírok, bár több olyan személy nyugszik ezekben a temetőkben, akiknek a sírjai az utódok számára fontos lehet. Vannak olyan sírok, amelyeket a falu lakossága hozzátartozók hiányában gondoz. Ilyen annak a négy katonának a sírja, akiket az idősebb toponáriak emlékezete szerint 1945-ben temettek el. Van, aki úgy emlékszik, hogy egy Sántos fölött lelőtt német repülőgép személyzetét takarják a sírok. E szerint három német és egy jugoszláv származású katonáról lehet szó.

A Somogy Vármegye 1945. október 13-i számában olvasható "A toponári Független Ifjúság helyi szervezete október 14-én vasárnap délután 3 órakor ünnepélyes keretek között hantolja el végleges sírboltba annak a négy ismeretlen magyar katonának a földi maradványait, akik Toponár község határában estek el az elmúlt világháborúban. .... Értesülésünk szerint a végtisztességen megjelenik és beszédet mond Vidovics Ferenc Somogy vármegye főispánja és Bakay Árpád ezredes."
Toponár temetői egyházi kezelésben vannak. Az egyháznak ma egyszerűen nincs pénze a temetők gondozására. Lóth József esperes szerint ma elsősorban az 1781-ben épült templom restaurálására kell a pénz. A templomot a Festetich-család építette magánkápolnának, ez a magyarázata annak, hogy az ebben a korban megszokott temetési szokástól eltérően Toponáron a templom körül nem alakult ki temető.